ノーティラス・バイオテクノロジー 2026年 第3四半期 決算説明会

ありがとうございます、マリッサ。また、本日ご参加の皆さまにもお礼申し上げます。前四半期には、プロテオフォームにリソースを集中させるという意図的な決定についてご説明しました。今四半期は、プロテオフォームとは何か、なぜライフサイエンス分野で最も重要な機会の一つだと考えているのか、そして意義ある長期的成長の基盤をどのように築いているのかについてお話ししたいと思います。まず、私たちのあらゆる活動の指針となっている考え方からお話しします。私たちは、機能生物学を測定可能にしています。何十年もの間、プロテオミクスは主に、どれだけの量のタンパク質が存在するかを明らかにするものでした。タンパク質の量は有意義な情報ですが、それがすべてではありません。現在使われているツールの大半は、タンパク質分子ごとに異なる、機能を左右する無数の修飾を測定するために必要な分解能と規模を備えていません。ショットガン質量分析ではタンパク質をペプチドに分解し、その断片からタンパク質を推定します。

多くのアフィニティアッセイは、タンパク質上の単一のエピトープを測定して平均的な存在量を推定します。いずれの場合も、機能的に異なるタンパク質分子は区別されません。スプライスバリアントや短縮型、またどの修飾が同一分子上で共存するかといった情報が失われるためです。これは重要です。人間の生物学的な複雑さは、私たちが持つ遺伝子の数に由来するわけではありません。バナナを例に考えてみましょう。バナナにはタンパク質をコードする遺伝子が約40,000個あります。人間は、明らかにバナナよりも複雑です。ヒトゲノム計画の初期には、科学者たちは人間には100,000個を大きく超える遺伝子があると予想していました。実際には、私たちが持つ遺伝子は約20,000個にすぎず、バナナの半分です。実際のところ、私たちの複雑さはゲノムの上位にある機能生物学の層、特に各タンパク質が取りうる多様な形態に由来します。

遺伝子は、生命の機構を構築するための取扱説明書にすぎません。1つの遺伝子から、スプライシングや配列変異、さらにタンパク質が作られた後に生じるさまざまな修飾によって形作られた、多くの異なるプロテオフォームが生まれる可能性があります。それぞれの分子は独立した機能単位であり、その形態によって、何をするのか、どのようにシグナルを伝えるのか、何と相互作用するのか、そして細胞内のどこに位置するのかが決まります。タンパク質がとる具体的な形態によって、実際に何をするのか、どこへ移動するのか、何に結合するのか、どの経路を活性化するのか、そして最終的にどの表現型をもたらすのかが決まることがよくあります。AKT1はその好例です。AKT1はがんシグナル伝達における中心的なスイッチであり、そのスイッチがオンになるかどうかは、同じ分子上のどの部位が同時にリン酸化されているかによって決まります。AKT1の量が同じでも、細胞によってシグナル伝達の状態はまったく異なることがあります。タウもその一例です。アルツハイマー病では、タウの量だけでなく、どの修飾型が蓄積しているかが重要です。

これまでプロテオフォームを大規模に測定することはできなかったため、この重要な情報を健康や疾患の理解に活用することはできませんでした。プロテオフォームを分解能高く捉えることで、創薬や精密医療に役立つ貴重な新しい情報が得られますが、これまでは大規模に利用できませんでした。この状況を変えるため、当社はボイジャー・プラットフォームの中核を担う手法、イテレーティブ・マッピングを開発しました。この手法では、超並列アレイ上で数百万から数十億個の完全な単一タンパク質分子を読み取るため、分子を分解したり、平均化によって個々の違いを消し去ったりすることなく、それぞれの分子の機能状態を解明できます。このレベルの分子分解能で捉えられるようになると、まったく新しい種類の生物学的知見が見えてきます。

当社のプラットフォームが実現する分解能と規模を提供できる企業は、ほかにないと考えています。機能生物学を測定可能にするとは、そういうことです。当社のデータがより多くの科学者に届くにつれて、このアプローチの価値はますます明らかになると考えています。大規模なプロテオフォーム解析は、生物医学分野におけるAIの重要な基盤になると考えています。業界では、次世代のAIモデルを訓練するための大規模なデータセットの構築が始まっています。そして、モデルの性能は、学習に用いるデータの質に左右されます。機能生物学を学習するうえで必要となる、差別化されたデータこそ、再現性の非常に高いプロテオフォームデータだと考えています。プロテオフォームに関するロードマップを加速するため、プロテオフォーム開発に取り組む人員とリソースを実質的に3倍にし、2028年半ばまでに20種類のプロテオフォームアッセイを開発する目標を設定しました。

その計画はすでに動き出しており、今後の方向性に自信を持てる理由が2つあります。1つ目は、科学界から寄せられている強い関心です。2つ目は、ロードマップを実行できることを示す証拠です。それぞれについて順にお話しします。科学界からの関心についてですが、ヒト・プロテオーム機構が主催する世界有数のプロテオミクス会議である今年のHUPO世界大会では、プロテオフォームが広く議論の中心となりました。会議を取り上げた『ケミカル・アンド・エンジニアリング・ニュース』の記事の見出しは、「タンパク質は存在しない：HUPO 2026の光景」でした。また、最先端のタンパク質解析技術を開発・応用する研究室を率いる第一線の研究者3人を招き、パネルディスカッションを開催しました。

バック加齢研究所のビルギット・シリング氏、KTH王立工科大学のヨッヘン・シュヴェンク氏、チューリッヒ工科大学（ETH）のベルント・ヴォルシャイト氏に、「プロテオフォームは生物学に対する私たちの理解を変えるのか」と尋ねました。お二人の見解をいくつかご紹介したいと思います。シリング博士は、簡潔にこう述べました。「私の考えでは、プロテオフォームはあらゆるところで重要です。」「プロテオフォームは機能に影響を与えます。細胞の働きを支えるあらゆる要素に、本当に影響を及ぼすのです。」また、ヴォルシャイト博士もこう述べました。「私たちは他の皆と同じく、タンパク質は存在せず、存在するのはプロテオフォームだけだという前提に立っています。」「個々のプロテオフォームを解読するだけでなく、機能的に重要な、個々のプロテオフォームに特有の複合体も解読できる可能性があると考えています。」顧客が何を必要としているかを尋ねると、一貫して、より多くのプロテオフォーム、より多様なサンプル種、そしてより多くの用途を求めています。SEEDSコンソーシアムとの提携を発表したことは、その好例です。

SEEDSは、医療先端研究プロジェクト機関（ARPA-H）から最大$51.7 millionの資金提供を受けています。4年間のプログラムを通じて最大$6 millionを受け取り、当社のVoyagerプラットフォームを用いて、アルツハイマー病におけるタウと、ユーイング肉腫におけるEWS-FLI1を研究する予定です。小児がんに関する当社初の取り組みとなります。このデータは、現在のモデルがうまく扱えない構造不定タンパク質について、AIモデルを学習させるのに役立つと期待されています。SEEDSおよびマイケル・J・ フォックス財団との取り組みは、大規模研究とカスタム開発を組み合わせる、より幅広い機会の初期事例です。製薬会社との連携を深めるにつれ、パートナーは価格表に掲載されているものにとどまらず、自社の標的向けのアッセイを構築したいと考えるようになると見込んでいます。当社は、そうしたアッセイを構築し、大規模コホート全体への適用を支援する用意ができています。次に、当社の計画に自信を持つ2つ目の理由である、初期段階での実行実績についてお話しします。

HUPOでは、AKT1、EGFR、P53を標的とする、当社のがん領域向けプロテオフォームアッセイ3種類の初期データを発表しました。結果を理解するため、まずはタウの話に戻りましょう。当社は、これが世界でも最も再現性が高く、詳細なプロテオミクスデータを提供していると考えています。社内およびバック研究所のパートナーとの検証において、Voyagerプラットフォームの変動係数（CV）の中央値は5.5%でした。この再現性があるからこそ、当社のデータは信頼性と拡張性を備え、その上にAIを構築することが可能になります。約1年の開発を経て、AKT1、EGFR、P53は、開発におよそ5年を要した最も成熟したアッセイであるタウと、すでに同等の性能を示しています。CVの中央値はAKT1が8.8%、EGFRが3.6%、P53が6.6%で、いずれも当社の目標である10%を大きく下回り、25%前後という業界標準と比べてもはるかに優れています。これは驚くべき結果です。

これは、ある標的で培った当社の中核的な能力を次の標的にも応用できることを示しており、3つのアッセイすべてと、今後開発するアッセイの開発にも自信を与えてくれます。少し振り返ると、当社は今年、多くのことを成し遂げました。早期アクセスプログラムを開始し、ベイラー医科大学を含む最初の早期アクセス顧客を迎えました。マイケル・J・フォックス財団は、パーキンソン病を対象とするα-シヌクレインのプロテオフォームアッセイの開発に資金を提供しており、この取り組みは順調に進んでいます。早期アクセスプログラムとMJFFの助成金の双方から、初めて売上高を計上しました。第3四半期には、タウのプロテオフォームに関する研究が『Nature Methods』に掲載され、査読を経てIterative Mapping法の有効性が検証されました。また、同じ号にはニュース＆ビューズ記事も掲載されました。

ニュース＆ビューズの解説記事で、ユトレヒト大学のアルベルト・ヘック氏は、Iterative Mappingは、タウのプロテオフォームの全体像を測定する臨床用途にも活用できる可能性がある有望なプラットフォームであり、疾患サブタイプの診断や層別化、さらには治療効果の評価にも役立つ可能性があると述べました。この手法は、他のタンパク質のプロテオフォームの全体像を測定するように応用できます。論文で解析した小規模コホートでは、タウのプロテオフォーム解析により、アルツハイマー病患者と認知機能が正常な人を識別できました。最も明瞭なシグナルは、同一分子上に最大4つのリン酸化を持つプロテオフォームから得られました。この情報は、単一部位の測定では捉えられません。年初来の成果を締めくくるものとして、3つのがん領域アッセイを開発段階に移行し、初期データを共有しました。当社はSEEDSへの参加企業に選ばれており、今年中に最初のベータ版装置を設置する計画も順調に進んでいます。